Nel 2029, in una stazione spaziale, il capitano Leo Davinson addestra un cucciolo di scimpanzé al pilotaggio. L'animale viene risucchiato in un buco spazio-temporale e Davinson cerca di salvarlo con un'altra navetta, ma fallisce e precipita su un pianeta governato da primati che parlano la sua lingua. Ari, una scimmia filantropa, lo aiuta a fuggire insieme ad altri umani. Il terribile generale Thade raduna un esercito per eliminarli. I fuggiaschi penetrano nella zona sacra e proibita dove, secondo la mitologia delle scimmie, sarebbe cominciata l'evoluzione, e trovano il rottame della stazione spaziale da cui Davinson era partito. Molti secoli prima si era schiantata sul pianeta nel tentativo di soccorrere il capitano, le scimmie avevano preso il sopravvento e si erano evolute fino allo stato attuale. Il salto di Davinson lo ha portato dunque avanti nel tempo. Gli uomini trovano in lui un capo e una guida contro Thade e il suo esercito di scimmie. L'aspra battaglia viene interrotta da una navetta che compie un atterraggio perfetto: alla guida c'è lo scimpanzé che Davinson aveva addestrato. Le scimmie lo credono il mitico antenato Seamus e si inchinano. Thade viene catturato. Uomini e scimmie promettono di vivere nel rispetto reciproco e Davinson può ripartire. Arriva finalmente sulla Terra nei pressi del Lincoln Memorial, ma la statua di Lincoln ha il muso di Thaide e un gruppo di poliziotti scimmia lo ammanetta.