Dalle profondità del mare emerge una pesciolina rossa a bordo di una medusa. Rimasta intrappolata in un barattolo di vetro, viene soccorsa e liberata da Sosuke, un bimbo di cinque anni che vive con la madre in cima alla scogliera. La gratitudine della pesciolina, che Sosuke battezzerà col nome di Ponyo, si trasforma in tenera amicizia. L'idillio viene però interrotto dall'intervento di Fujimoto, padre di Ponyo e padrone-stregone dei fondali marini...