Per la prima volta Spongebob, la spugna di mare più amata al mondo, salirà in superficie per intraprendere l'avventura più "supereroica" di sempre. La vita a Bikini Bottom non potrebbe essere migliore per l'eterno ottimista Spongebob ed i suoi amici: la fedele stella marina Patrick, il sardonico Squiddi, la scoiattola scienziata Sandy ed il crostaceo capitalista, Mr. Krabs. Quando la ricetta segreta del Krabby Patty viene rubata, gli eterni nemici, Spongebob e Plankton, dovranno unire le proprie forze ed affrontare un viaggio attraverso lo spazio ed il tempo per poter sfruttare i loro superpoteri ed affrontare il diabolico pirata Barba Burger, che ha i propri piani per le squisite prelibatezze.