Le Tartarughe Ninja sono degli eroi. Hanno salvato la città ma nessuno lo sa, non possono stare sotto i riflettori, devono nascondersi e così continuano a vivere nell’ombra. Questo va bene solo a parte di loro però. La tentazione di essere come gli altri si fa strada quando scoprono l’esistenza di un liquido in grado di trasformare gli umani in animali antropomorfi come loro e (manipolato da Donatello) fare anche il contrario. In tutto questo il clan del piede è più vivo che mai e, al comando dall’alieno Krang, sta mettendo a punto un nuovo piano, ancora più rischioso e gigantesco del precedente, uno che spetta alle Tartarughe Ninja fermare.